原料成本
普通饲料：原料选择相对常规，多采用常见的谷物（如玉米、小麦）、豆粕、鱼粉等，这些原料来源广泛，供应稳定，价格相对透明且较为固定，在大规模采购时通常能获得一定的价格优势。
发酵饲料：除了使用部分常规饲料原料外，可能会深度开发一些区域特色农副资源，如小麦胚芽、芝麻粕、花生粕等。此外，为保证发酵效果，对原料的品质要求可能更为严格，而且在发酵前可能需要对原料进行预处理，这都可能导致原料成本增加。不过，发酵饲料能够利用一些原本价值较低的农副产物，在一定程度上又可能降低原料成本。
加工成本
普通饲料：加工过程相对简单，主要经过粉碎、混合等常规工序，设备要求相对不高，能源消耗相对较少，生产过程中的人力成本、设备维护成本等也相对较低。
发酵饲料：生产过程涉及生物发酵环节，需要特定的发酵设备，如智能温控固态发酵系统，以保证发酵过程中温度、湿度、氧气含量等条件的精准控制，设备购置和维护成本较高。发酵过程需要消耗一定的能源来维持适宜的发酵环境，同时还需要添加特定的发酵菌种，这些都增加了加工成本。此外，发酵饲料生产对技术人员的专业要求更高，人力成本也会相应增加。
质量控制成本
普通饲料：质量检测主要集中在基本营养成分分析、卫生指标检测等方面，检测项目相对较少，检测方法和设备相对常规，质量控制成本相对较低。
发酵饲料：除了进行与普通饲料类似的营养成分和卫生指标检测外，还需要对发酵过程进行严格监控，检测发酵过程中的微生物生长情况、代谢产物生成情况等。对发酵后的产品，需要检测有益微生物的数量、活性物质含量等特殊指标，检测项目更多、更复杂，需要更专业的检测设备和技术人员，质量控制成本明显高于普通饲料。
储存与运输成本
普通饲料：储存和运输要求相对简单，只要保持干燥、通风的环境，在一定时间内一般不会出现质量问题，储存和运输成本相对较低。
发酵饲料：由于含有活性微生物，对储存和运输条件要求较为严格。需要控制适宜的温度、湿度等条件，以保证有益微生物的活性，防止杂菌污染和变质，这可能需要采用特殊的包装、储存设备（如冷藏设备）和运输方式，从而增加了储存与运输成本。
总体而言，发酵饲料因在原料选择、加工工艺、质量控制以及储存运输等方面的特殊要求，其成本通常高于普通饲料。但发酵饲料具有提高动物生产性能、改善饲料利用率、减少环境污染等优势，从综合养殖效益来看，其较高的成本可能会通过养殖收益的提升得到一定程度的弥补 。
